শামসুল হক ওরফে বদর ভাইকে একাত্তরে মানবতাবিরোধী অপরাধের মামলায় ২০১৬ সালে আমৃত্যু কারাদণ্ডে দণ্ডিত করেছিলেন আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনাল। 

২০১৫ সালের ২ মার্চ রাষ্ট্রপক্ষের আবেদনের পরিপ্রেক্ষিতে মানবতাবিরোধী অপরাধের দায়ে শামসুলসহ ৮ জনের বিরুদ্ধে গ্রেপ্তারি পরোয়ানা জারি করেন আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনাল-২। একই দিন বিকেলে জামালপুরের নয়াপাড়া এলাকায় নিজ বাসা থেকে তাকে গ্রেপ্তার করে পুলিশ।

এরপর ২০১৬ সালের ১৮ জুলাই মানবতাবিরোধী অপরাধের মামলায় রায় দেন আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনাল। রায়ে শামসুলসহ পাঁচজনকে আমৃত্যু কারাদণ্ড ও তিনজনকে মৃত্যুদণ্ডে দণ্ডিত করা হয়। রায় ঘোষণার সময় শামসুল হক ছাড়াও এস এম ইউসুফ আলী নামে অপর এক আসামি উপস্থিত থাকলেও বাকিরা পলাতক ছিলেন।

রায়ে মৃত্যুদণ্ডপ্রাপ্ত আসামিরা হলেন- জামালপুরের আশরাফ হোসাইন, আবদুল মান্নান ও আবদুল বারী। এছাড়া মো. শামসুল হক ওরফে বদর ভাই ছাড়াও আমৃত্যু কারাদণ্ড দেয়া হয়েছিল শরীফ আহমেদ ওরফে শরীফ হোসেন, হারুন, আবুল হাশেম এবং এস এম ইউসুফ আলীকে।

তবে আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনালের দেয়া আমৃত্যু কারাদণ্ডের রায়ের বিরুদ্ধে ২০১৬ সালেই আপিল বিভাগে আবেদন করেন শামসুল ও ইউসুফ। যদিও রায়ের বিরুদ্ধে করা এ আপিল বিবেচনাধীন থাকাবস্থায় অপর আসামি ইউসুফের মৃত্যু হয়।

২০২৩ সালের ১৪ নভেম্বর একাত্তরে মানবতাবিরোধী অপরাধের মামলায় আমৃত্যু কারাদণ্ডের রায়ের বিরুদ্ধে শামসুল হকের করা আপিল খারিজ করে দেন আপিল বিভাগ। সেই সঙ্গে, আমৃত্যু কারাদণ্ডের সাজা কমিয়ে তাকে ১০ বছরের কারাদণ্ড দেয়া হয়।