এরপর মামলার সুষ্ঠু তদন্তের জন্য তাদের বিভিন্ন মেয়াদে রিমান্ডে নিতে আবেদন করেন মামলার তদন্তকারী কর্মকর্তা। অপর দিকে তার আইনজীবী রিমান্ড বাতিল চেয়ে জামিনের আবেদন করেন। উভয় পক্ষের শুনানি শেষে ঢাকার মেট্রোপলিটন ম্যাজিস্ট্রেট শাহীন রেজা তার জামিন আবেদন নামঞ্জুর করে বিভিন্ন মেয়াদে রিমান্ড মঞ্জুর করেন।

বৈষম্যবিরোধী ছাত্র আন্দোলন চলাকালে গুলিতে সাকিব হাসান নিহতের ঘটনায় যাত্রাবাড়ী থানায় করা মামলায় মামুনের ৭ দিনের রিমান্ড মঞ্জুর করেন আদালত। 

ইমন হোসেন গাজী নিহতের ঘটনায় যাত্রাবাড়ী করা মামলায় তার ৭ দিনের রিমান্ড মঞ্জুর করেন আদালত। ইরফান ভুইয়া নিহতের ঘটনায় যাত্রাবাড়ী করা মামলায় তার পাঁচ দিনের রিমান্ড মঞ্জুর করেন আদালত। মুনতাসির রহমান নিহতের ঘটনায় যাত্রাবাড়ী করা মামলায় পাঁচ দিনের রিমান্ড মঞ্জুর করেন আদালত।

ভ্যানচালক সুজন নিহতের ঘটনায় যাত্রাবাড়ী করা মামলায় পাঁচ দিনের রিমান্ড মঞ্জুর করেন আদালত। রফিকুল ইসলাম নিহতের ঘটনায় যাত্রাবাড়ী করা মামলায় তার চার দিনের রিমান্ড মঞ্জুর করেন আদালত। মাহমুদুল হাসান জয় (১৪) নিহতের ঘটনায় যাত্রাবাড়ী করা মামলায় তার ৫ দিনের রিমান্ড মঞ্জুর করেন আদালত। নিউমার্কেট থানার হত্যা মামলায় পাঁচ দিনের রিমান্ড মঞ্জুর করেন আদালত। গত ৩ সেপ্টেম্বর রাতে মামুনকে গ্রেফতার করে ডিবি পুলিশ।