আগামী ২৯ মে তৃতীয় ধাপে অনুষ্ঠিত কোম্পানীগঞ্জ উপজেলা পরিষদের নির্বাচনে তিনি মনোনয়ন ফরম সংগ্রহ করেন। গত ৫ মে রোববার মনোনয়নপত্র বাছাইয়ের দিনে শাহাদাত এর হলফনামায় ৪ টি মামলার কথা ও সম্পত্তির বিবরণ না থাকায় মনোনয়নপত্র বাতিল ঘোষণা করেন নোয়াখালীর অতিরিক্ত জেলা ম্যাজিস্ট্রেট ও জেলা রিটার্নিং কর্মকর্তা মুহম্মদ ইসমাঈল হোসেন। 

পরবর্তীতে তিনি নোয়াখালী জেলা ম্যাজিস্ট্রেট ও নোয়াখালী জেলা প্রশাসক বরাবর আপিল করেন। ৯ মে বৃহস্পতিবার জেলা প্রশাসক দেওয়ান মাহবুবুর রহমান আপিল আবেদন খারিজ করে দেন। এরপর রোববার হাইকোর্টে আবার আপিল করেন শাহাদাত হোসেন। ৩ দিন শুনানির পর আজ মঙ্গলবার হাইকোর্ট তাঁর প্রার্থীতা ফিরিয়ে দেন।এ ব্যাপারে শাহাদাত হোসেন বলেন, আমার বিরুদ্ধে অনেক ষড়যন্ত্র করা হয়েছে প্রার্থীতা ফিরে না পাওয়ার জন্য। তিন দিন সরকার পক্ষের সাথে আইনী লড়াই করে আজ আমি আমার প্রার্থীতা ফিরে পেয়েছি।